Il Convento dei Cappuccini del borgo di Segni è stato iniziato nel 1592 grazie ad un lascito testamentario di Mastro Pietro Fratepipari che donava mille scudi per fabbricare un convento.
I lavori furono però presto sospesi perché il luogo scelto era isolato e sotto minaccia di banditi.
I lavori sono poi ripresi nel 1602 e terminarono nel 1606 e il convento era sede di una scuola di teologia e dedicato ai giovani religiosi. Il convento è stato poi venduto da Napoleone durante il suo periodo di conquista italiana in cui vendette a privati molti beni della chiesa.
Nel 1905 è stato poi ricomprato dai frati cappuccini ad una asta pubblica e durante la guerra ha ospitato molte famiglie di Segni dando loro acqua e cibo.
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