Il santuario della SS. Trinità nasce da un gruppo di grotte di fronte alla città di Orte che erano usate da eremiti durante il Trecento secolo.
La collina di fronte la città chiamata il ‘Collis Hortanus’ nell' XI secolo è un luogo santificato che poi venne chiamata Civita Deserta nel XV secolo.
In passato ha ospitato diversi eremiti fra i quali San Bernardino che vi dimorò nel 1426.
La chiesa è stata parzialmente scavata nel tufo grazie al volere dell’eremita Nicolò Cappa di Vigne.
Al suo interno si trovano affreschi che risalgono XIV e XV secolo.
Nei Seicento la chiesa venne affidata alla congregazione dell’Annunziata.
Nel 1944 venne danneggiata dallo scoppio di un treno e venne poi risistemata da tutte le congregazioni di Orte.
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